Labuhan Alit Keraton Yogyakarta dilaksanakan terkait erat dengan perjuangan Panembahan Senopati dalam meraih cita-citanya menjadi seorang raja di Jawa. Ia besama pamannya yaitu Juru Mertani bertapa di Pantai Parangkusumo. Setelah beberapa hari ia ditemui oleh Ratu Kidul sebagai penguasa Pantai Selatan. Panembahan Senopati dapat menjadi raja jika memperistri dirinya. Akhirnya disepakati Ratu Kidul sebagai istri Panembahan Senopati.Panembahan Senopati kemudian diberi telur. Telur itu kemudian dimakan abdinya Panembahan Senopati dan menjadi penguasa di Gunung Merapi. Untuk menghormati kedua penjaga tempat tersebut (Pantai Selatan dan Gunung Merapi) maka Keraton Yogyakarta kemudian mengadakan labuhan setiap 30 Rajab dalam sistem kalender pananggalan Jawa. Kebiasaan memberi penghormatan kepada para leluhur yang telah membangun Kerajaan Mataram dilakukan oleh Raja Keraton Yogyakarta agar masyarakat dijauhkan dari segala mara bahaya telah dilakukan selama berabad-abad.